گروه سازه‌های آبی از سال 1382 به صورت یک گروه مستقل در دانشکده مهندسی علوم آب با هدف تربیت دانشجویان و متخصصان مطلع و آگاه در زمینه مهندسی سازه‌های آبی، سازه ­های هیدرولیکی و مهندسی رودخانه با ارائه آخرین مباحث روزآمد این تخصص، فعالیت خود را آغاز کرد. این بخش یکی از روزآمدترین و توانمندترین بخش‌های مهندسی آب در کشور است که در مقاطع آموزشی کارشناسی‌ارشد، دکتری و پسا دکتری فعالیت می‌کند. دانش‌آموختگان این گروه علاوه بر داشتن توانایی‌های تخصصی و علمی، از قابلیت‌های ویژه‌ای نیز برخوردار می‌باشند، به‌ طوری‌ که تعداد قابل‌ توجهی از فارغ‌التحصیلان دکتری این رشته به‌عنوان اعضای هیأت‌ علمی در دانشگاه‌های معتبر کشور فعالیت می‌کنند و دیگر دانش‌آموختگان نیز در سازمان‌ها و صنایع بزرگ کشور مشغول به فعالیت می‌باشند. هدایت این گروه را از بدو استقلال دانشکده مهندسی علوم آب تاکنون دکتر منوچهر فتحی مقدم، دکتر محمود شفاعی بجستان و دکتر سید محسن سجادی به عهده داشته و دارند.